1995年，张卓元任中国社会科学院经济研究所所长、研究员、博士生导师，开始接触国企改革问题，更多偏向于基础理论研究，包括经济体制改革理论和宏观经济政策等方面。
十四届三中全会确立社会主义市场经济体制目标后，市场经济势头正劲。同时，国有企业“搁浅”，并引发关注：公有制与市场经济体制是否可以兼容。中央决定在十五大期间破解这一难题。1996年10月16日，十五大报告起草小组成立，张卓元是成员之一。起草小组根据中央和地方135个单位意见逐条逐句研究，几易其稿，具体修改几百处。张卓元深知十五大报告的重要意义，它对公有制及其实现形式给出了创造性解释，理论上提出的公有制形式多样化，政策上提出的股份制等混合所有制模式，为国有企业进入市场、成为市场竞争主体扫平了制度障碍。没有这次理论突破，就不可能有中国国有企业的凤凰涅槃，就没有中国民营企业的发展。
1998年10月，张卓元卸任中国社会科学院经济研究所所长。2006年，当选为中国社会科学院学部委员。